Nem sempre o local de instalação padrão está disponível, por exemplo, nos servidores compartilhados do hostgator. Para resolver isso, basta instalar em outra pasta. Para fazer isso com o pip:
pip install --target=/home/my_python_script/python_modules/ Jinja2
Antes de usar um módulo, será necessário incluir a pasta de módulos python_modules na lista de caminhos do python:
import os, sys
sys.path.append(os.path.join(os.path.dirname(__file__),'python_modules'))